Accéder à Python
Pour accéder à Python, vous devez d'abord charger la version que vous souhaitez utiliser, en utilisant nos modules, par exemple:
module load python2/miniconda2 # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2
# NE PLUS supporté
ou
module load python3/miniconda3 # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3
ou
module load python3/miniforge3 # conda + python 3.9 /sca/compilers_and_tools/python/miniforge3
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Charger des environnement/paquets Python
Pour lister les environnements disponibles exécutez:
conda env list
ou
conda info --envs
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Pour lister les paquets qui font partie d'un environnent exécutez:
Disponible avec python2 (non recommandé pour le futur) (gelé dans son état actuel)
source activate jupyter # jupyter notebooks
source activate mysql2 # mysql-connector
source activate pynngl2 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate spyder # environnement spyder
source activate soup # beautifulsoup
module load development/python-rpn # interface python pour rmnlib - Documentation
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Disponible avec python3 (miniconda3)
source activate cdo # cdo toolkit
source activate jupyter # jupyter notebooks (sera remplacé par base_plus)
source activate jupyter_plus # jupyter notebooks + basic packages (recommandé plutôt que jupyter)
# remplacé par base_plus
source activate jupyter_sql # jupyter notebooks + mysql-connector
# remplacé par base_plus
source activate base_plus # le successeur des environnements jupyter... + xarray/dask # ensemble de base
source activate spyder # environnement spyder
source activate mysql3 # mysql-connector
source activate ldap # ldap utilities + mysql-connector
source activate pynngl3 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate magics # magics (ECMWF)
source activate soup # beautifulsoup
module load python3/python-rpn # interface python pour rmnlib - Documentation
module load python3/outils-divers # functions pour les grilles RPN
module load python3/demos # exemples des scripts pour lire/imprimer des fichier RPN
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Disponible avec python3 (miniforge3)
source activate base_plus # le successeur des environmenta jupyter... + xarray/dask
source activate ferret # pyferret
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Environnement personnel
Création et activation d'un environnement personnel (dans ~/.conda)
On ne peut utiliser qu'un seul environnement à la fois. Si vous activez un autre environnement (avec "source activate ..."), le précédent sera désactivé et vous n'aurez que le dernier environnement que vous avez activé.
NOTE:
Les paquets installés avec pip (qui aboutissent souvent dans ~/.local) peuvent entrer en conflit avec les paquets installés dans les environnements conda
module load python3/miniforge3 # Chargez la version de Python que vous souhaitez utiliser
conda create -n mon_environnement # Créez votre nouvel environnement. Choisissez un nom pour votre nouvel environnement qui n'existe pas encore !
source activate mon_environnement # Activez votre nouvel environnement cd ~/.conda # Installez les nouveaux paquetss sous le répertoire ~/.conda
# Assurez-vous que :
# ~/.conda est un lien vers ~/extras/.conda et
# ~/extras est un lien vers /extras/${USER}
# Sinon vous allez bientôt manquer d'espace dans votre home!
conda install package_name # Installez le(s) nouveau(x) paquets(s) |
Cloner un environnement
Au lieu de créer un environnement à partir de zéro, on peut également "cloner" un environnement déjà existant, puis y ajouter de nouveaux paquets.
NOTE: Certains paquets ne s'entendent pas avec d'autres paquets! Plus vous avez de paquets, plus vous risquez d'avoir des conflits !
conda create --name cloned_env --clone original_env |
Déchargement d'un environnement
| conda deactivate # sortir d'un environnement |
Supprimer un environnement conda
conda env remove -n mon_environnement # L'environnement doit être inactif (→ conda deactivate)
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Références utiles
NCAR graphics (ncl)
NCAR graphics (PyNGL)
jupyter (notebook)
beautifulsoup
Magics(ECMWF)
spyder (environnement de développement python)