Accéder à Python

Pour accéder à Python, vous devez d'abord charger la version que vous souhaitez utiliser, en utilisant nos modules, par exemple:

module load python2/miniconda2    # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2
                                  # NE PLUS supporté
   ou
module load python3/miniconda3    # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3
   ou
module load python3/miniforge3    # conda + python 3.9 /sca/compilers_and_tools/python/miniforge3

Charger des environnement/paquets Python

Pour lister les environnements disponibles exécutez:

conda env list
    ou
conda info --envs

Pour lister les paquets qui font partie d'un environnent exécutez:

conda list -n nom_du_env


Disponible avec python2 (non recommandé pour le futur) (gelé dans son état actuel)

source activate jupyter              # jupyter notebooks
source activate mysql2               # mysql-connector
source activate pynngl2              # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate spyder               # environnement spyder
source activate soup                 # beautifulsoup

module load development/python-rpn   # interface python pour rmnlib - Documentation


Disponible avec python3 (miniconda3)

source activate cdo                  # cdo toolkit
source activate jupyter              # jupyter notebooks (sera remplacé par base_plus)
source activate jupyter_plus         # jupyter notebooks + basic packages (recommandé plutôt que jupyter)
                                     # remplacé par base_plus
source activate jupyter_sql          # jupyter notebooks + mysql-connector
                                     # remplacé par base_plus
source activate base_plus            # le successeur des environnements jupyter... + xarray/dask  # ensemble de base
source activate spyder               # environnement spyder
source activate mysql3               # mysql-connector
source activate ldap                 # ldap utilities + mysql-connector
source activate pynngl3              # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate magics               # magics (ECMWF)
source activate soup                 # beautifulsoup

module load python3/python-rpn       # interface python pour rmnlib - Documentation
module load python3/outils-divers    # functions pour les grilles RPN
module load python3/demos            # exemples des scripts pour lire/imprimer des fichier RPN

Disponible avec python3 (miniforge3)

source activate base_plus            # le successeur des environmenta jupyter... + xarray/dask
source activate ferret               # pyferret

Environnement personnel

Création et activation d'un environnement personnel (dans ~/.conda)

On ne peut utiliser qu'un seul environnement à la fois. Si vous activez un autre environnement (avec "source activate ..."), le précédent sera désactivé et vous n'aurez que le dernier environnement que vous avez activé.

NOTE:
Les paquets installés avec pip (qui aboutissent souvent dans ~/.local) peuvent entrer en conflit avec les paquets installés dans les environnements conda

module load python3/miniconda3       # Chargez la version de Python que vous souhaitez utiliser

conda create -n mon_environnement  # Créez votre nouvel environnement. Choisissez un nom pour votre nouvel environnement qui n'existe pas encore ! When asked "Proceed ([y]/n)? " type 'y' then 'Enter' or just press the 'Enter' key.
source activate mon_environnement  # Activez votre nouvel environnement

cd ~/.conda                                                  # Installez les nouveaux paquetss sous le répertoire ~/.conda
                                                                           # Assurez-vous que :
                                                                           #     ~/.conda est un lien vers ~/extras/.conda et
                                                                           #     ~/extras est un lien vers /extras/${USER}
                                                                           # Sinon vous allez bientôt manquer d'espace dans votre home!
conda install package_name                  # Installez le(s) nouveau(x) paquets(s). When asked "Proceed ([y]/n)? " type 'y' then 'Enter' or just press the 'Enter' key.

Si(!) cela ne fonctionne pas et que vous ne pouvez pas importer le paquet, supprimez le paquet/l'environnement et essayez la commande suivante pour l'installer :


conda install -c conda-forge package_name

Il peut arriver que vous receviez un message d'erreur indiquant qu'un autre paquet est manquant. Installez-le alors avant.

Cloner un environnement

Au lieu de créer un environnement à partir de zéro, on peut également "cloner" un environnement déjà existant, puis y ajouter de nouveaux paquets.

NOTE: Certains paquets ne s'entendent pas avec d'autres paquets!  Plus vous avez de paquets, plus vous risquez d'avoir des conflits !

conda create --name cloned_env --clone original_env

Déchargement d'un environnement

conda deactivate                                          # sortir d'un environnement

Supprimer un environnement conda

conda env remove -n mon_environnement   # L'environnement doit être inactif (→ conda deactivate)



Références utiles

NCAR graphics (ncl)

NCAR graphics (PyNGL)

jupyter (notebook)

beautifulsoup

Magics(ECMWF)

spyder (environnement de développement python)