Sommaire
Accéder à Python
Pour accéder à Python, vous devez d'abord charger la version que vous souhaitez utiliser, en utilisant nos modules, par exemple:
| Volet |
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module load python2/miniconda2 # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2ou |
...
module load python3/miniconda3 # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3 |
Charger des environnement/paquets Python
Pour pour lister les environnements disponibles exécutez:
| Volet |
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Pour lister les paquets qui font partie d'un environnent exécutez:
| Volet |
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conda list -n nom_du_env |
Disponible disponible avec python2 (non recommandé pour le futur) (gelé dans son état actuel)
| Volet |
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Disponible avec python3 (miniconda3)
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Disponible avec python3 (miniforge3)
| Volet |
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Environnement personnel
Création
disponible avec python3
source activate cdo # cdo toolkit source activate jupyter # jupyter notebooks (sera remplacé par base_plus) source activate jupyter_plus # jupyter notebooks + basic packages (recommandé plutôt que jupyter) # sera remplacé par base_plus source activate jupyter_sql # jupyter notebooks + mysql-connector # sera remplacé par base_plus source activate base_plus # le successeur des environnements jupyter... + xarray/dask source activate spyder # environnement spyder source activate mysql3 # mysql-connector source activate ldap # ldap utilities + mysql-connector source activate pynngl3 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL) source activate magics # magics (ECMWF) source activate soup # beautifulsoup
module load python3/python-rpn # interface python pour rmnlib - Documentation
...
et activation d'un environnement personnel (dans ~/.conda)
On ne peut utiliser qu'un seul environnement à la fois. Si vous activez un autre environnement (avec "source activate ..."), le précédent sera désactivé et vous n'aurez que le dernier environnement que vous avez activé.
NOTE:
les packages Les paquets installés avec pip (qui aboutissent souvent dans ~/.local)
peuvent entrer en conflit avec les packages paquets installés dans les environnements conda
conda create -n mon_environnement
source activate mon_environnement
#cd ~/.conda
#conda install package_name
déchargement d'un environnement
...
| Volet |
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module load python3/miniconda3 # Chargez la version de Python que vous souhaitez utiliser conda create -n mon_environnement # Créez votre nouvel environnement. Choisissez un nom pour votre nouvel environnement qui n'existe pas encore ! When asked "Proceed ([y]/n)? " type 'y' then 'Enter' or just press the 'Enter' key. cd ~/.conda # Installez les nouveaux paquetss sous le répertoire ~/.conda |
Si(!) cela ne fonctionne pas et que vous ne pouvez pas importer le paquet, supprimez le paquet/l'environnement et essayez la commande suivante pour l'installer :
| Volet |
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| conda install -c conda-forge package_name |
Il peut arriver que vous receviez un message d'erreur indiquant qu'un autre paquet est manquant. Installez-le alors avant.
Cloner un environnement
Au lieu de créer un environnement à partir de zéro, on peut également "cloner" un environnement déjà existant, puis y ajouter de nouveaux paquets.
NOTE: Certains paquets ne s'entendent pas avec d'autres paquets! Plus vous avez de paquets, plus vous risquez d'avoir des conflits !
| Volet |
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conda create --name cloned_env --clone original_env |
Déchargement d'un environnement
| Volet |
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| conda deactivate # sortir d'un environnement |
Supprimer un environnement conda
| Volet |
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| conda env remove -n mon_environnement # L'environnement doit être inactif (→ conda deactivate) |
Références utiles
spyder (environnement de développement python)