NEMO/OPA
SETUP NEMO/OPA avec concepts 3.0 / 3.1.0 / 3.1.3
concepts 3.0 source s.ssmuse.dot nemo (guillimin/st/skynet/beluga/postes de travail) concepts 3.1 source s.ssmuse.dot concepts-3.1 (guillimin/st/skynet/beluga/postes de travail) concepts 3.1.3 source s.ssmuse.dot OCE/concepts-3.1.3 (guillimin) s'assurer que le répertoire $HOME/data/$TRUE_HOST existe et n'est pas sur le même "filesystem" que $HOME
(concepts 3.1.3 utilise le compilateur Intel version 16)
true_path -n $HOME et
true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST ne devraient pas commencer de la même manière
example OK:
[user]$ true_path -n $HOME /sb/home/user [user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST /gs/project/abc-789/user/guillimin example PAS OK:
[user]$ true_path -n $HOME /sb/home/user [user]$ true_path -n $HOME/data/$TRUE_HOST /sb/home/user/data/guillimin S'assurer que le repertoire $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS} n'existe pas déja
NOTES:
- nemo coexiste mal avec d'autres packages.
- ce raccourci charge tous les éléments nécessaires a la production d'un exécutable.
- la présence d'autres éléments logiciels peut facilement entrer en conflit avec les besoins de nemo
et créer des erreurs de toutes sortes.
install_concepts.ksh # portion qui ne dépend pas de la machine install_concepts.ksh -arch # portion qui dépend de la machine /bin/rm -rf $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL/fait_config # refaire config de code, pas necessaire pour cfg standard vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/util/AA_make.gdef #params generaux de compilation selon les architectures (en mode couplé avec GEM, ca prend
#-Q- linux64 ARMN_LIB= -lrpn_comm_40510 -lrmn_015 -lmassvp4 ou l'equivalent)
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/UTIL fait_config CMC # ajustement de WORK # # refaire a partir d'ici si on change la configuration ou si on ajoute de nouveaux fichiers de code # cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO . ./UTIL/fait_AA_make # aller prendre un cafe vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef # changer seulement les clefs de compilation prendre ORCA2 comme demo # dans le même répertoire on trouvera des échantillons de fichiers pré-configurés (ORCA025_CICE_COUPLED.ldef, ORCA1_CICE.ldef, ... ORCA2.ldef) cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/util clr_make ins_make -t linux64 # (-t linux, -t aixp7) #cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS} #. linkme cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC # premiere compilation cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK # nemo seulement make clean make all pour trouver l'exécutable opa récemment créé : find $HOME/data/$TRUE_HOST/ -name 'opa' # normalement : $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/bin/Linux_x86-64/
Changement de clefs define seulement ==> Refaire a partir de clr_make et ins_make
Ajout de nouvelles clefs ou nouveaux modules ==> Refaire a partir de fait_AA_make
Les nouveaux modules doivent pointer sur des repertoires source de NEMO, ne pas mettre les fichiers dans
$HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
(voir section gestion du code)
pour la configuration MPI, editer le fichier $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
pour modifier ce fichier, on doit d'abord en obtenir une copie locale en se servant de
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK
NEMO_import.ksh par_oce.F90
pour modifier tout autre fichier
cd $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK NEMO_import.ksh le_fichier.F90
nouvelle architecture de compilation xxxnnn
cd $HOME/data/$TRUE_HOST/CONCEPTS_${CONCEPTS}/data_Linux_x86-64 mkdir -p \ ./modipsl/lib/Linux_x86-64/xxxnnn/oce \ ./modipsl/bin/Linux_x86-64/xxxnnn \ ./modipsl/libcice_2.3.3/Linux_x86-64/xxxnnn \ ./modipsl/libcice_2.0.1/Linux_x86-64/xxxnnn \ ./modipsl/libcice_2.2.0/Linux_x86-64/xxxnnn
avec CICE
pour utiliser cice comme modele de glace
s'assurer que le repertoire ${HOME}/CICECMC_${CICECMC} n'existe pas
install_cice.ksh
cd ${HOME}/CICECMC_${CICECMC}/cice4.0_cmc
./clean_ice
./comp_ice.ORCA1_16_square_NEMO_UQAM
(ou toute autre configuration UQAM)
( comp_ice.CREG025_32_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_64_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_144_NEMO_UQAM )
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef
(editer les cles de maniere appropriee)
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
(les configs MPI doivent etre les memes pour NEMO et CICE)
refaire l'executable opa
install_cice.ksh
cd ${HOME}/CICECMC_${CICECMC}/cice4.0_cmc
./clean_ice
./comp_ice.ORCA1_16_square_NEMO_UQAM
(ou toute autre configuration UQAM)
( comp_ice.CREG025_32_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_64_NEMO_UQAM , comp_ice.CREG025_144_NEMO_UQAM )
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/config/CMC/scripts/BB_make.ldef
(editer les cles de maniere appropriee)
vi $HOME/CONCEPTS_${CONCEPTS}/nemo3_1_cmc/modipsl/modeles/NEMO/WORK/par_oce.F90
(les configs MPI doivent etre les memes pour NEMO et CICE)
refaire l'executable opa
calcul des poids d'interpolation (concepts 3.0)
# un petit exemple
# fichier de sortie CREG025 , contenant la variable SSH
# fichier de sortie GEM , contenant la variable ZP
sortie_ocean=CREG025-CMC-HCST_y2008m01d05h00m00_gridT2D.std
sortie_atm=OutputReferenceGEM.fst
# poids pour interpoler de OPA a GEM (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_ocean -ns SSH -fstype custom -fr $sortie_atm -nr ZP -fd weights_nemo_to_gem.fst -fdtype rpn -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T
# poids pour interpoler de GEM a OPA (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_atm -ns ZP -fstype rpn -fr $sortie_ocean -nr SSH -fd weights_gem_to_nemo.fst -fdtype custom -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T
# fichier de sortie CREG025 , contenant la variable SSH
# fichier de sortie GEM , contenant la variable ZP
sortie_ocean=CREG025-CMC-HCST_y2008m01d05h00m00_gridT2D.std
sortie_atm=OutputReferenceGEM.fst
# poids pour interpoler de OPA a GEM (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_ocean -ns SSH -fstype custom -fr $sortie_atm -nr ZP -fd weights_nemo_to_gem.fst -fdtype rpn -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T
# poids pour interpoler de GEM a OPA (OPA non global, GEM non global)
cstintrp -fs $sortie_atm -ns ZP -fstype rpn -fr $sortie_ocean -nr SSH -fd weights_gem_to_nemo.fst -fdtype custom -naggrmax 50 -glbsrc F -owgts T
le résultat OPA -> GEM
voir -iment weights_nemo_to_gem.fst NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4 0- >> X GRDZ 470 1 1 00000000 000000 278 1298 0 0 0 E 32 E 1140 620 2704 16000 1- ^^ X GRDZ 1 290 1 00000000 000000 278 1298 0 0 0 E 32 E 1140 620 2704 16000 2- ANG P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0 3- ANG @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0 4- LAT P SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0 5- LON P SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 32 Z 278 1298 0 0 6- SSH P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 X 32 Z 278 1298 0 0 7- NAVG P@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 X 32 Z 278 1298 0 0 8- W001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0 9- I001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 10- J001 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 11- W002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0 12- I002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 13- J002 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 ....... 62- W019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0 63- I019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 64- J019 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 65- W020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 E 64 Z 278 1298 0 0 66- I020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 67- J020 P WEIGHTS 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 16 Z 278 1298 0 0 68- SSH @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0 69- NAVG @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0 NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4 70- MASK @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0 71- MAGR @@ SEA SURFACE 470 290 1 20080105 000000 15728640 0 0 86400 0 I 1 Z 278 1298 0 0
le résultat GEM -> OPA
voir -iment weights_gem_to_nemo.fst NOMV TV ETIQUETTE NI NJ NK (DATE-O h m s) IP1 IP2 IP3 DEET NPAS DTY G IG1 IG2 IG3 IG4 0- >> PP NEMO-LON 528 603 1 19500101 000000 1001 1002 1003 86400 0 X 32 L 100 100 9000 0 1- ^^ PP NEMO-LAT 528 603 1 19500101 000000 1001 1002 1003 86400 0 X 32 L 100 100 9000 0 2- ANG P@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0 3- ANG @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0 4- LAT P 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0 5- LON P 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0 6- ZP C@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0 7- NAVG C@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 32 X 1001 1002 1003 0 8- W001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0 9- I001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 10- J001 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 11- W002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0 12- I002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 13- J002 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 14- W003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0 15- I003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 16- J003 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 17- W004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 E 64 X 1001 1002 1003 0 18- I004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 19- J004 P WEIGHTS 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 16 X 1001 1002 1003 0 20- ZP @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0 21- NAVG @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0 22- MASK @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0 23- MAGR @@ 528 603 1 00000000 000000 0 0 0 0 0 I 1 X 1001 1002 1003 0
fonction d'interpolation
function weighted_interp(d,ni,nj,s,nis,njs,w,ij,np,nmax) result(status) implicit none integer, intent(IN) :: ni, nj, nmax, nis, njs real, intent(OUT), dimension(ni,nj) :: d ! output grid real, intent(IN), dimension(nis*njs) :: s ! input grid real, intent(IN), dimension(ni,nj,nmax) :: w ! weights integer, intent(IN), dimension(ni,nj,nmax) :: ij ! source index table (I and J records from file combined) integer, intent(IN), dimension(ni,nj) :: np ! number of useful points integer :: status integer :: i, j, i0, in, k, maxpts integer, parameter :: BSIZE=16 do j = 1 , nj do i0 = 1 , ni , BSIZE in = min(ni,i0+BSIZE) maxpts = maxval(np(i0:in,j)) ! not used for now d(i0:in,j) = 0.0 do k = 1 , nmax do i = i0 , in d(i,j) = d(i,j) + ( w(i,j,k) * s(ij(i,j,k)) ) ! weighted sum enddo enddo enddo enddo status = 0 end function weighted_interp
lecture des coefficients du fichier
function read_interp_weights(iun,nis,w) result(status) implicit none type :: weight_set real, dimension(:,:,:), pointer :: w real, dimension(:,:), pointer :: c, s integer, dimension(:,:,:), pointer :: ij integer, dimension(:,:), pointer :: n integer :: ni, nj, nmax end type integer, intent(IN) :: iun ! weight file integer, intent(IN) :: nis ! first dimension of output grid type(weight_set),intent(OUT) :: w integer :: status real *8, dimension(:,:), allocatable :: w8 real, dimension(:,:), allocatable :: w4 integer, dimension(:,:), allocatable :: ia, ja integer :: ni, nj, nk, i integer, external :: fstinf, fstlir character(len=4) :: varname real *8 :: pi, piov180 real *8, parameter :: ONE=1.0 pi = acos(-ONE) piov180 = pi/180.0 status = -1 status = fstinf(iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","NAVG") ! use NAVG to get dimensions print *,"INFO: ni,nj=",ni,nj allocate( w%n(ni,nj), w8(ni,nj), w4(ni,nj), ia(ni,nj), ja(ni,nj) ) status = fstlir( w4,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","NAVG") ! number of useful points w%n = w4 + 0.5 w%nmax = maxval(w%n) print *,"INFO: w%n max=",w%nmax allocate( w%ij(ni,nj,w%nmax), w%w(ni,nj,w%nmax), w%c(ni,nj), w%s(ni,nj) ) do i = 1, w%nmax write(varname,100)'W',i status = fstlir( w8,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Wnnn record w%w(:,:,i) = w8 write(varname,100)'I',i status = fstlir( ia,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Innn record write(varname,100)'J',i status = fstlir( ja,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"",varname) ! Jnnn record print *,"INFO: ia/ja min,max",minval(ia),maxval(ia),minval(ja),maxval(ja) w%ij(:,:,i) = ia + (ja - 1)*nis ! I and J combined into "collapsed index" print *,"INFO: w%w min,max=",minval(w%w(:,:,i)),maxval(w%w(:,:,i)) enddo status = fstlir( w%c,iun,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","ANG") ! rotation angles print *,"INFO: ang min,max=",minval(w%c),maxval(w%c) w%s = sin(w%c * piov180) ! transform into sine and cosine w%c = cos(w%c * piov180) print *,"INFO: cos min,max=",minval(w%c),maxval(w%c) print *,"INFO: sin min,max=",minval(w%s),maxval(w%s) w%ni = ni w%nj = nj deallocate(w8,w4,ia,ja) status = 0 100 format(A1,I3.3) end function
programme type
program demo_interp implicit none type :: weight_set real, dimension(:,:,:), pointer :: w real, dimension(:,:), pointer :: c, s integer, dimension(:,:,:), pointer :: ij integer, dimension(:,:), pointer :: n integer :: ni, nj, nmax end type type(weight_set) :: w interface function read_interp_weights(iun,nis,w) result(status) import :: weight_set implicit none integer, intent(IN) :: iun ! weight file integer, intent(IN) :: nis type(weight_set), intent(OUT) :: w integer :: status end function end interface real *4, dimension(:,:), allocatable :: sshsrc, sshdest, sshdestref integer :: nargs character(len=1024) :: old_file, new_file integer :: i, status integer :: fstdin, fstdout integer, external :: fnom, fstouv, fstinf, fstlir, weighted_interp integer :: ni, nj, nk, nis, njs, nks real *8 :: pi, piov180 real *8, parameter :: ONE=1.0 pi = acos(-ONE) piov180 = pi/180.0 print *,"pi=",pi,piov180 nargs = command_argument_count() if(nargs /= 2) call print_usage call GET_COMMAND_ARGUMENT(1,old_file) call GET_COMMAND_ARGUMENT(2,new_file) print *,'INFO: opening input file '//trim(old_file) fstdin = 0 i = fnom(fstdin,trim(old_file),'STD+RND+OLD',0) print *,'DEBUG: fstdin=',fstdin i = fstouv(fstdin,'RND') print *,'INFO: opening source file '//trim(new_file) fstdout = 0 i = fnom(fstdout,trim(new_file),'STD+RND+OLD',0) i = fstouv(fstdout,'RND') status = fstinf(fstdout,nis,njs,nks,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH") if(status < 0) goto 777 allocate(sshsrc(nis,njs)) print *,"INFO: reading source SSH" status = fstlir( sshsrc,fstdout,nis,njs,nks,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH") print *,"INFO: sshsrc min,max=",minval(sshsrc),maxval(sshsrc) status = read_interp_weights(fstdin,nis,w) ni = w%ni nj = w%nj allocate(sshdest(ni,nj),sshdestref(ni,nj)) status = fstlir( sshdest,fstdin,ni,nj,nk,-1,"",-1,-1,-1,"P@","SSH") print *,"INFO: sshdest min,max=",minval(sshdest),maxval(sshdest) status = weighted_interp(sshdestref,ni,nj,sshsrc,nis,njs,w%w,w%ij,w%n,w%nmax) call fstecr(sshdestref,sshdestref,-32,fstdin,344189600,0,0,ni,nj,1,0,0,0,'P@','SSH1','DIAGNOSTIQUE','Z',278,1298,0,0,133,.true.) print *,"INFO: sshsrc min,max=",minval(sshsrc),maxval(sshsrc) print *,"INFO: sshdest min,max=",minval(sshdest),maxval(sshdest) print *,"INFO: sshdestref min,max=",minval(sshdestref),maxval(sshdestref) sshdestref = sshdestref - sshdest print *,"INFO: sshdestdiff min,max=",minval(sshdestref),maxval(sshdestref) 777 continue call fstfrm(fstdin) call fstfrm(fstdout) stop end program
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