Soumet : travaux par lots / batch jobs
soumission facile de travaux par lots / an easy way to submit batch jobs
ord_soumet my_job_file [arg1] [arg2] .... [argn]
/home/ordenv/ssm-domains/ssm-setup-1.0/multi/bin/ord_soumet my_job_file [arg1] [arg2] .... [argn]
ex:
ord_soumet essai1 -mach saiph -t 500 -cpus 2x2x4 -jn experience001 -listing ~/listings/special
| ord_soumet est disponible directement dans l'environnement mais peut également être utilisé en mode autonome N.B. une copie ne fonctionnera pas, mais on peu utiliser un "soft link" vers l'original N.B. cette page a été empruntée a Environnement Canada Dorval, certains aramètres peuvent ne pas s'appliquer | ord_soumet is automatically available to all users of the i environment but may also be used in stand-alone mode N.B. a copy of ord_soumet will not work but a soft link to it will N.B. This page has been borrowed from Environment Canada in Dorval, some parameters might not be applicable |
arguments
Liste des arguments / argument list
| le nom des arguments les plus courants est en caractères gras, les cellules colorées représentent des arguments non reconnus par ord_soumet, mais potentiellement reconnus par ord_soumet_alpha et/ou ord_soumet_beta (certaines options ne fonctionnent q'avec le nouvel environnement ) NOTE : si la première ligne du fichier soumis commence par #ord_soumet= , le reste de la ligne sera ajouté aux arguments de soumet, ce qui permet au fichier soumis de contenir à l'avance certains paramètres de soumission | the names of the most frequent arguments are highlighted, the colored cells reflect pre-release features not recognized yet by ord_soumet but that may be recognized by ord_soumet_beta and/or ord_soumet_alpha (some features will only work with the new environment ) NOTE : if the first line of the submitted job file starts with #ord_soumet= , the remainder of the line is added to the ord_soumet arguments, allowing the job to contain some of its submission parameters beforehand. |
EX: #ord_soumet= -t 500 -mpi -cpus 3x4 -cm 2G
Variables d'environnement utilisées/disponibles dans le travail / environment variables used/available in job
| argument / VARIABLE | def1 | def2 | notes | description | exemples / examples |
|---|---|---|---|---|---|
| FORCE_BATCH | ignorer l'argument -sys et utiliser la valeur de cette variable d'environnement ignore -sys argument and use this value instead | export FORCE_BATCH=batch_devel | |||
| SOUMET_EXTRAS | ajouter a la ligne d'appel comme si l'usager l'avait tapé add to command line as if typed by user | export SOUMET_EXTRAS="-account xx-ab-01" | |||
| -account | colosse only | compte de l'usager sur colosse user account on colosse | -account xxx-abc-01 | ||
| -addstep | NULL | addstep | LL only | ||
| -args / -o | NULL | NULL | arguments positionnels disponibles dans le travail positional arguments made available in the job | -args a1 b2 c2 $1 donnera a1, $2 donnera b2, $3 donnera c2 $1 will be a1, $2 will be b2, $3 will be c2 | |
| -as | NULL | NULL | soumettre un travail en utilisant un autre nom d'usager (demande les bonnes clés dans authorized_keys) submit a job using another user name ( proper keys must be found in authorized_keys) | -as otheruser le travail sera soumis comme l'usager otheruser the job will be submitted as if submitted by otheruser | |
| -c / -cpus | 1 | 1 | MxNxP | nombre de CPUs nécessaires pour le travail number of CPUs necessary for the job | -cpus 4x15x4 (60 MPI tiles, 4 way OpenMP) |
| -clone | 0 | 100 | activer la soumission clonée (pas plus de NN fois) activate cloned submission (up to NN times) | -clone 23 | |
| -cm / -m | 100M | 100M | souvent ignoré often ignored | quantité de mémoire vive nécessaire pour le travail (la valeur est imposée à 3.5GB/cpu pour IBM) amount of main memory needed for the job (value forced at 3.5GB/cpu on IBM) | ssh zeta -cm 350M |
| -coschedule | LL only | job with coscheduled job steps | travail avec étapes en mode "coschedule" | ||
| -custom | NULL | NULL | answer to the .profile_switch question for batch jobs réponse à la question posée par .profile_switch por les travaux batch | -custom alternate -custom y -custom n | |
| -d / -mach | $TRUE_HOST | $TRUE_HOST | (localhost) | machine ou grappe sur laquelle on désire exécuter le travail machine or cluster the job is to execute on | -mach alef -mach zeta |
| -display | NULL | $DISPLAY | utilisé si le travail doit afficher quelque chose sur un écran XWindows (habituellement utilisé avec -xterm) used if job must use XWindows to display on a workstation (often used with -xterm) | -display monposte:0 | |
| -e | NULL | e | causer un avortement du travail à la première erreur si -e spécifié job will be aborted at the first error if -e specified | ||
| -epilog | NULL | NULL | job epilog to be inserted in job | -epilog iomonitor (activate io monitor, experimental) | |
| -firststep | NULL | lajob_steps | LL only | this is the first step of a coschduled job | |
| -geom | NULL | NULL | LL only | fichier contenant la géométrie MPI du travail tel que le paramètre task_geometry de LoadLeveler le demande file containing the MPI geometry in the format needed for the task_geometry LoadLeveler parameter | |
| -h | texte d'aide help text | ||||
| -immediate | NULL | immediate | exécution immédiate via ssh sans passer par le sous-système batch (travaux TRÈS PETITS seulement) immediate execution with ssh without going through the batch subsystem (VERY SMALL jobs only) | ||
| -iojob | 1 | 5 | quantité d'entrées/sorties dans le travail (1-10) amount of I/O in job (1-10) | -iojob 0 (almost no I/O) -iojob 10 (a real I/O hog) | |
| -jn | NULL | NULL | nom que l'on désire donner au travail (utilisé pour créer le nom du fichier contenant le listing) si -jn est absent, le nom du fichier contenant le travail sera utilisé job name (used for listing file name). if -jn is not specified, the name of the submitted file will be used | -jn essai_no_2 | |
| -jobcfg | /dev/null | NULL | |||
| -jobfile | NULL | NUL | autre manière de donner le fichier à soumettre alternate method to submit a file | -jobfile my_file | |
| -jobtar | lajob | lajob | name to give to the tarfile produced with the nosubmit option nom à donner au fichier tar produit par l'option nosubmit | ||
| -keep | NULL | keep | conserver les fichiers intermédiaires (enveloppes) keep intermediate files (wrappers) | -keep | |
| -l | no | yes | maestro only | ||
| -laststep | NULL | LL only | |||
| -listing | ~/listings | ~/tmp | autolisting | répertoire où on désire retrouver le listing du travail directory the job listing will be written into | -listing ~/dir1/exp2 |
| -mach | localhost | machine sur laquelle on veut executer machine to execute the job on | |||
| NULL | $USER@ec.gc.ca | si on doit envoyer du courrier , le faire à cette adresse (voir / see -notify ) send mail (if necessary) to this address | -mail -mail user@some.where | ||
| -mpi / -p | NULL | mpi | travail utilisant MPI used to flag an MPI job | -mpi | |
| -node | NULL | NULL | maestro only | ||
| -noendwrap | y | n | maestro only | ||
| -nosubmit | NULL | nosubmit | ne pas soumettre le travail mais l'emballer dans un fichier appelé lajob.tar pour soumission ultérieure job shall not be submitted but packed into filelajob.tar to be submitted at a later time | -nosubmit | |
| -notify | error | complete | -notify error envoyer du coutrrier en cas d'erreur dans le travail send mail in case of error in the job -notify complete envoyer du courrier a la fin du travail send mail at end of job | NOTE: la demande est passée au système d'ordonnancement de travaux (SGE ou LL) qui en fera ce qu'il veut/peut. NOTE: the request is passed on to the batch subsystem (SGE or LL) that will act on it as it can/wants. | |
| -op | NULL | oper | ceci est un travaial opérationnel this is an operational job | ||
| -postfix | .out | NoNe | chaine de caractères à ajouter à la fin du nom du fichier contenant le listing du travail character string that will be appended to the listing file name | ||
| -ppid | $$ | $$ | ne pas utiliser do not use | ||
| -preempt | 1 | LL seulement LL only | permettre ou non la préemption (1 = oui) allow preemption (1 = yes) | ||
| -prefix | NoNe | NULL | chaine de caractères à ajouter au début du nom du fichier contenant le listing du travail character string that will be addded to the beginning of the listing file name | -prefix exper12_ le listing du travail aura un nom commençant par exper12_ the listing file name will begin with exper12_ | |
| -prolog | NULL | NULL | prolog to be inserted in job | -prolog iomonitor (activate iomonitor, experimental) | |
| -q / -queue | NULL | NULL | queue spécifique pour une machine donnée specific queue on a given machine | -q fexfer , -q xfer -q my_queue@ | |
| -rsrc | NULL | NULL | indiquer les ressources spéciales dont le travail a besoin specify special resources needed by job | -rsrc to-hsm from-hsm -rsrc none | |
| -seqno | 1 | 1 | numéro de séquence initial pour les clones initial sequence number for clones | ||
| -share | e | s | SGE only | exclusive (e) or shared (s) use of nodes | usage partagé (s) ou exclusif (e) des noeuds de calcul |
| -shell | ksh | NULL | interprète de commandes à utiliser pour le travail | -shell bash -shell sh -shhell ksh93 | |
| -smt | 1 | 2 | doubler la valeur de OMP_NUM_THREADS dans le travail (facteur OpenMP) double the value of OMP_NUM_THREADS in job (OpenMP factor) | -smt | |
| -splitstd | n | y | |||
| -ssmuse | NULL | NULL | liste d'items "r.ssmuse.dot¨ nécessaires pour l'exécution du travail (nouvel environnement seulement) list of "r.ssmuse.dot" items necessary for successful job execution (new environment only) | ||
| -step | default_step | NULL | LL only | ||
| -sys | batch | batch | système de soumission / séquençage de travaux type of sequencer to use | -sys batch -sys maestro | |
| -t | 60 | 60 | temps d'horloge nécessaire pour exécuter le travail (secondes) wall clock time needed to execute the job (seconds) | -t 7200 ( 2 heures / 2 hours ) | |
| -tag | NULL | NULL | job tracking tag for statistics identificateur pour les séries statistiques | -tag newmodelv3 | |
| -threads | 1 | 1 | |||
| -tmpfs | 255 | Linux/SGE only | quantité d'espace tmpfs nécessaire (MB) necessary amount of tmpfs space required (MB) | ||
| -v | NULL | 1 | rendre ord_soumet plus bavard en ce qui a trait aux messages de diagnostic make ord_soumet more verbose when it comes to diagnostic messages | ||
| -w | 1 | 1 | même chose que -t mais en minutes (ne pas utiliser les deux à la fois) same as-t but in minutes (use only one) | ||
| -waste | NULL | 100 | pourcentage tolérable de CPUs non utilisés sur un noeud de calcul tolerable percentage of unused CPUs on a compute node | ||
| -with | NULL | NULL | |||
| -wrapdir | ~/.ord_soumet.d/wrap | NULL | maestro only | ||
| -xterm | NULL | xterm | faire démarrer un xterm dans le travail et viser l'unité X spécifiée par -display start an xterm in the job and target display specified by -display |
Variables d'environnement utilisées/disponibles dans le travail / environment variables used/available in job
| PREEMPT_OK | IN | IBM seulement, = 0 travail soumis en mode non préemptable, =1 soums en mode préemptable | IBM only, =0 preemption not accepted by job, =1 preemption not accepted by job |
|---|---|---|---|
| BATCH_MPI_CPUS | IN | nombre de tuiles/taches MPI | number of MPI tiles/tasks |
| OMP_NUM_THREADS | IN | nombre de fils d'exécution OpenMP tel que demandé via les paramètres -cpus et -smt | number of OpenMP threads as specified via -cpus and -smt |
| JobTimeLimit | IN | durée maximale permise pour le travail (secondes) | maximum allowed job wall cloak (seconds) |
| JobStartTime | IN | heure de démarrage du travail en secondes depuis 1970-01-01 00:00:00 UTC (epoch) | job start time in seconds since 1970-01-01 00:00:00 UTC(epoch) |
| SelfJobKill | IN | recette pour tuer/annuller le travail | receipe to kill/cancel the job |
| SelfJobResubmit | IN | recette pour resoumettre le travail | receipe to resummit the job |
| SelfJobRemove | IN | recette pour effacer les fichiers "enveloppe" du travail | receipe to remove the job wrappers |
| C LONE_ORDINAL | IN | numéro du clone courant (1.. max) | ordinal of current clone (1 .. max) |
| S OUMET | OUT | SOUMET=qsub causera une resoumission automatique d'un clone si le nombre maximal n'est pas atteint | SOUMET=qsub wil trigger an automatic job resubmit if the maximum clone count has not been reached |
Notes
| LL | Load Leveler (ordonnanceur de travaux IBM) | Load Leveler (IBM batch scheduler) |
|---|---|---|
| SGE | Sun Grid Engine (ordonnanceur de travaux pour colosse) | Sun Grid Engine (Linux cluster colosse batch scheduler) |
| PBS | Portable Batch System (ordonnanceur de travaux de guillimin) | Portable Batch Syatem (Linux cluster guillimin batch scheduler) |
| maestro | nouveau séquenceur des passes opérationnelles | new Operational RUN sequencer |
| (localhost) | la machine sur laquelle on se trouve | the current machine |
| MxNxP | configuration des CPUs M fois N tuiles MPI, P fils d'exécution OpemMP pour chaque tuile | CPU configuration, M times N MPI tiles, P OpenMP threads for each tile |
| autolisting | si un répertoire ~/listings/machine existe (-mach machine) le listing y sera automatiquement dépose si -listing n'est pas spécifié | should a directory path ~/listings/machine exists (-mach machine) and -listings is absent, the listing will be writtne into that directory |
nom du listing listing file name | le nom du fichier contenant le listing est obtenu de la manière décrite ci dessous (la partie seqno est absente si on ne se sert pas du clonage) t${prefix}${jn}.${ppid}.${postfix}[.${seqno}] | the listing file name is derived in the following way (the seqno part is optional and is only used with cloning) t${prefix}${jn}.${ppid}.${postfix}[.${seqno}] |
Submitted job structure / La structure du travail soumis
ord_soumet creates 2 files from the user "job"
- a batch system and OS dependent file
- batch subsystem (PBS/ GridEngine/LoadLeveler/UnixBatch) header
- OS dependent header (linux / AIX / ...)
- source command for the wrapped user job(next file)
- OS dependent footer (linux / AIX / ...)
- user job surrounded by batch system and OS independent wrappers
- header
- optional prolog
- user job itself
- optional epilog
- footer
ord_soumet: architecture / internal structure
ord_soumet uses 4 logical layers
- ord_soumet itself (almost totally agnostic)
- a control system layer (normal batch/OCM/Maestro)
- a machine/cluster specific layer (machine description: batch subsystem, processors, some dispatching logic)
- a batch subsystem layer (PBS/GridEngine/LoadLeveler/UnixBatch)
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