Accéder à Python

Pour accéder à Python, vous devez d'abord charger la version que vous souhaitez utiliser, en utilisant nos modules, par exemple:

module load python2/miniconda2    # conda + python 2.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda2
                                  # NE PLUS supporté

ou

module load python3/miniconda3    # conda + python 3.7 /sca/compilers_and_tools/python/miniconda3
   ou
module load python3/miniforge3    # conda + python 3.9 /sca/compilers_and_tools/python/miniforge3

Charger des environnement/paquets Python

Pour lister les environnements disponibles exécutez:

conda env list ou
conda info --envs

Pour lister les paquets qui font partie d'un environnent exécutez:

conda list -n nom_du_env

Disponible avec python2 (non recommandé pour le futur) (gelé dans son état actuel)

source activate jupyter # jupyter notebooks
source activate mysql2 # mysql-connector
source activate pynngl2 # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate spyder # environnement spyder
source activate soup # beautifulsoup

module load development/python-rpn # interface python pour rmnlib - Documentation

Disponible avec python3 (miniconda3)

source activate cdo    # cdo toolkit
source activate jupyter    # jupyter notebooks (sera remplacé par base_plus)
source activate jupyter_plus # jupyter notebooks + basic packages (recommandé plutôt que jupyter)
                                     # remplacé par base_plus
source activate jupyter_sql    # jupyter notebooks + mysql-connector
                                     # remplacé par base_plus
source activate base_plus            # le successeur des environnements jupyter... + xarray/dask # ensemble de base
source activate spyder # environnement spyder
source activate mysql3 # mysql-connector
source activate ldap # ldap utilities + mysql-connector
source activate pynngl3              # NCAR Graphics (PyNGL et NCL)
source activate magics # magics (ECMWF)
source activate soup # beautifulsoup

module load python3/python-rpn # interface python pour rmnlib - Documentationmodule load python3/outils-divers # functions pour les grilles RPN
module load python3/demos # exemples des scripts pour lire/imprimer des fichier RPN

Disponible avec python3 (miniforge3)

source activate base_plus # le successeur des environmenta jupyter... + xarray/dask
source activate ferret # pyferret

Environnement personnel

Création et activation d'un environnement personnel (dans ~/.conda)

On ne peut utiliser qu'un seul environnement à la fois. Si vous activez un autre environnement (avec "source activate ..."), le précédent sera désactivé et vous n'aurez que le dernier environnement que vous avez activé.

NOTE:
Les paquets installés avec pip (qui aboutissent souvent dans ~/.local) peuvent entrer en conflit avec les paquets installés dans les environnements conda

module load python3/miniconda3 # Chargez la version de Python que vous souhaitez utiliser

conda create -n mon_environnement # Créez votre nouvel environnement. Choisissez un nom pour votre nouvel environnement qui n'existe pas encore ! When asked "Proceed ([y]/n)? " type 'y' then 'Enter' or just press the 'Enter' key.
source activate mon_environnement # Activez votre nouvel environnement

cd ~/.conda                                                  # Installez les nouveaux paquetss sous le répertoire ~/.conda
                                                                           # Assurez-vous que :
                                                                           # ~/.conda est un lien vers ~/extras/.conda et
                                                                           # ~/extras est un lien vers /extras/${USER}
                                                                           # Sinon vous allez bientôt manquer d'espace dans votre home!
conda install package_name                # Installez le(s) nouveau(x) paquets(s). When asked "Proceed ([y]/n)? " type 'y' then 'Enter' or just press the 'Enter' key.

Si(!) cela ne fonctionne pas et que vous ne pouvez pas importer le paquet, supprimez le paquet/l'environnement et essayez la commande suivante pour l'installer :

conda install -c conda-forge package_name

Il peut arriver que vous receviez un message d'erreur indiquant qu'un autre paquet est manquant. Installez-le alors avant.